A Naruto széleskörű szereplő-felhozatallal büszkélkedhet, melyek mindegyikének megvan a maga kidolgozott háttértörténete. A szereplők összetett személyiséggel rendelkeznek, melyeket a sorozatban megismerhetünk, az idő elteltével változásukat nyomon követhetjük. A részek előrehaladtával a magányos Naruto egyre több barátra, ellenségre tesz szert, akik szintén történetünk részeivé válnak. A sorozat kezdetekor a Ninja Akadémián végzett tanoncok vizsgáik sikeres letétele után Geninekké válnak. A Genineket három fős csoportokra osztják be, melyeket egy tapasztaltam nindzsa, egy Jounin vezet. Minden egyes ilyen osztagnak megvan a maga specializációja, és a későbbiekben ez alapján küldik ki őket a különböző típusú küldetésekre. Ezen beosztás során kerül össze Naruto Haruno Sakurával és Uchiha Sasukéval Hatake Kakashi vezetése alatt. Ők alkotják a 7-es osztagot. A történet folyamán időnként kapcsolatba kerül korábbi az Akadémián végzett osztálytársaival, akiket próbál felülmúlni, saját képességeit az övéikhez hasonlítva igyekszik tanulni azok erősségeiből és hibáiból. Ilyen csapatok nem kizárólag Naruto évfolyamából vannak (lásd Gai csapata). A mester-tanítvány viszony fontos eleme a sorozatnak; Narutónak számos mentora volt, akiktől tanult, ezek közül kiemelkedőek Umino Iruka, az első ember aki nem vetette meg Narutót gyermekkorában; Hatake Kakashi a 7es csapat vezetője, valamint a legendás Szannin, Dzsiraija. A szereplők megismerése folyamán több olyan helyzetnek lehetünk tanúi, amikor mester és tanítvány közt szorosabb kötődés alakul ki. A fiatalabbak átveszik mentoraik stílusát, technikáikat elsajátítják. Vannak akik családjukon belül tanulnak meg bizonyos képességeket, illetve vérvonal útján öröklik azokat. Ezek mibenlétét igyekeznek titokban tartani. Ez a fajta nevelés, mentalitás jellemző japán vonás. A sorozat számos szereplőjének neve, személyisége a távol-keleti mitológiákból származik, ezek ismeretével gyakran következtetni lehet a történet folytatására.